به دنبال تنش‌های ایجاد شده، آیت الله خمینی طی اعلامیه‌ای اعلام کرد: دستگاه حاکمه می‌خواهد با تمام کوشش به هَدمِ احکام ضروریهٔ اسلام قیام و به دنبال آن مطالبی است که اسلام را به خطر می‌اندازد. لذا اینجانب عید نوروز را به‌عنوان عزا و تسلیت به امام عصر (عجل الله تعالی فرجه) جلوس می‌کنم و به مردم اعلام خطر می‌نمایم.»[۱۹]
عصر ۲ فروردین ۱۳۴۲ مصادف با شهادت امام صادق(ع)، (۲۵ شوال ۱۳۸۲ق) مجلس سوگواری از طرف آیت الله گلپایگانی در مدرسه فیضیه برگزار شد. تعدادی از وابستگان شاه در دو گروه ۷۰ و ۳۰ نفری در دو طرف مجلس قرار گرفته بودند و به نوبت صلوات می‌فرستادند.[۲۰] پس از پایان سخنرانی حاج شیخ مرتضی انصاری یکی از آنها فریاد زد برای سلامتی شاهنشاه آریامهر صلوات» مردم به هیجان آمدند و درگیری شروع شد.[۲۱] کماندو‌ها و افراد حکومت به هر طلبه‌ای که می‌رسیدند از وی می‌خواستند که جاوید شاه» بگوید سپس وی را زیر مشت و لگد گرفته و کتک می‌زدند. عده‌ای طلاب به طبقه فوقانی مدرسه رفته و با پرتاب سنگ و آجر به کماندو‌ها حمله کردند. مهاجمان به طبقه بالا رفته و در آنجا ضمن درگیری و مضروب ساختن تعدادی از آنها، چند نفر را از جمله سید یونس رودباری از بالا به پائین انداختند.[۲۲] مأموران شاه کتاب‌ها را پاره کردند و لوازم و اثاث طلاب را به میان صحن مدرسه ریختند.[۲۳] در پی این جریان آیت الله خمینی اعلامیه علیه شاه صادر کرد: اینان با شعار شاه‌دوستی» به مقدسات مذهبی اهانت می‌کنند. شاه‌دوستی یعنی غارتگری، هتک اسلام، به حقوق مسلمین، و به مراکز علم و دانش؛ شاه‌دوستی» یعنی ضربه زدن به پیکر قرآن و اسلام، سوزاندن نشانه‌های اسلام و محو آثار اسلامیت. با این احتمال، تقیه، حرام است؛ و اظهار حقایق، واجب.»[۲۴]